Pour qu’il y ait effet secondaire, il faut théoriquement qu’il y ait effet primaire. Or cette expression n’est pas utilisée pour parler de l’effet attendu d’un traitement, notamment médicamenteux. L’effet attendu est l’effet thérapeutique, qui peut parfois être double : le paracétamol est un antalgique, mais c’est aussi un antipyrétique. Si on l’utilise en cas de douleur, c’est l’effet antalgique qui est souhaité, et l’effet antipyrétique si le problème posé est un état fébrile.
Un effet secondaire, c’est en fait un effet non recherché, qu’il soit attendu ou pas. L’effet secondaire est beaucoup plus souvent délétère que bénéfique : l’antibiothérapie est connue pour déclencher de la diarrhée par déséquilibre de la flore intestinale ; c’est un effet secondaire attendu, tant il est fréquent, mais non souhaité.