En médecine, on utilise des protocoles dans de nombreuses circonstances. Il s’agit de mettre par écrit la façon de réaliser une procédure, « recette » qui sera ensuite appliquée à la lettre, de façon « protocolaire » (en respectant le protocole) : protocole de soins infirmiers, protocole d’antibiothérapie, protocole d’analgésie postopératoire, etc.
L’intérêt de protocoliser (rédiger des protocoles) un maximum de procédures est de permettre de passer d’une culture de l’oral à une culture de l’écrit, nettement plus fiable car reproductible et traçable.
A noter un régionalisme linguistique : dans la région marseillaise, un compte-rendu opératoire est un « protocole opératoire ».
Dans les essais cliniques, toute la partie méthodologique est le protocole de l’essai. De sa rigueur dépendra la fiabilité des résultats de l’essai.