Dans une première acception, fonctionnel équivaut à subjectif : la douleur, par exemple, est ressentie par le patient, qui peut la décrire avec précision ; le médecin peut l’évaluer, mais ne peut pas l’objectiver. C’est un symptôme fonctionnel, subjectif, par opposition à un symptôme organique, objectif car objectivable.
Fonctionnel se dit aussi d’un trouble pour lequel aucune lésion organique n’a pu être mise en évidence à l’issue d’un bilan exhaustif. Un tel trouble serait dû au mauvais fonctionnement d’un organe, à son « dysfonctionnement », d’où l’apparition de douleurs plus ou moins diffuses associées à d’autres symptômes fonctionnels, tout aussi variés.
Le Pr Leriche définissait la santé comme « le silence des organes ». A contrario, le fonctionnement bruyant de certains organes définit bien ce que peut être un trouble fonctionnel.
Les troubles fonctionnels sont habituellement considérés comme « psychosomatiques », et sont en général imputés au stress.
La prise en charge efficace des troubles fonctionnels (et du stress d’une manière générale) est un défi difficile à relever pour n’importe quel médecin, et la médecine conventionnelle occidentale y rencontre de nombreux échecs qui font le lit des médecines dites non conventionnelles.