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L'adjectif saprophyte désigne un micro-organisme qui se nourrit de matières organiques inertes. Dans ce sens, saprophyte s’oppose à parasite.
Mais saprophyte s’oppose aussi, concernant les germes, à pathogène : notre organisme est colonisé par des milliards de bactéries saprophytes, avec lesquelles nous vivons en bonne harmonie, mais qui peuvent devenir pathogènes, provoquant ainsi une infection.