En anatomie, deux structures portent le nom d’ampoule : l’ampoule rectale et l’ampoule de Vater.
L’ampoule rectale est la partie supérieure, dilatée, de la cavité rectale, dans laquelle sont stockées les selles avant leur expulsion par le processus de défécation.
L’ampoule de Vater, ou ampoule hépatopancréatique, est formée par la réunion du canal cholédoque, qui draine la bile fabriquée par le foie, et du canal pancréatique principal, le canal de Wirsung, qui collecte le suc pancréatique. On pourrait la comparer à la Gironde, réunion terminale de la Garonne et de la Dordogne.
L’ampoule de Vater se jette au bord interne de la deuxième partie du duodénum (le deuxième duodénum ou D2) ; à ce niveau, elle est équipée d’un appareil sphinctérien, le sphincter d’Oddi, qui comprend un sphincter propre à chaque canal et un sphincter commun.
Il existe une variété de tumeur maligne spécifique à l’ampoule de Vater, l’ampullome vatérien, ou tumeur ampullaire.